Yazılan Uluslararası Kitaplar veya Kitaplarda Bölümler
— Mustafa Erdoğan (2009), “Norman Barry’s Contribution to the Study of Liberal Politics”, in Michael James (ed.), Classical Liberalism in the 21st Century: Essays in Honour of Norman P. Barry (Buckingham University Press), pp. 177-184.
Kitapları
— Mustafa Erdoğan (2018), Türk Anayasa Hukuku (Ankara: Hukuk Yayınları)
— Mustafa Erdoğan (2017), Hukuk ve Adalet (Ankara: Hukuk Yayınları)
— Mustafa Erdoğan (2017), Anayasa Hukukuna Giriş (Ankara: Hukuk Yayınları)
— Mustafa Erdoğan (2015), Anayasal Demokrasi (Ankara: Siyasal Kitabevi, 13. b.)
— Mustafa Erdoğan (2013), Özgürlük Perspektifinden Hukuk ve Demokrasi (İstanbul: Kesit Yayınları)
— Mustafa Erdoğan (2011), Anayasa Hukuku (Ankara: Orion Yayınevi, 7. b.).
— Mustafa Erdoğan (2011), Türkiye’de Anayasalar ve Siyaset (Ankara: Liberte, 7. b.).
— Mustafa Erdoğan (2012), İnsan Hakları: Teorisi ve Hukuku (Ankara: Orion Yayınevi, 3. b.)
— Mustafa Erdoğan (2006), Aydınlanma, Modernlik ve Liberalizm (Ankara: Orion Yayınevi).
— Mustafa Erdoğan (2002), Anayasa ve Özgürlük (Ankara: Yetkin Yayınevi).
— Mustafa Erdoğan (2000), Demokrasi, Lâiklik, Resmi İdeoloji (Ankara: Liberte, 2. b.).
— Mustafa Erdoğan (1998), Liberal Toplum, Liberal Siyaset (Ankara: Liberte, 2. b.)
— Mustafa Erdoğan (1993), Anayasacılık, Parlamentarizm, Silâhlı Kuvvetler (Ankara: Siyasal Kitabevi).
Kitap Bölümleri
— Mustafa Erdoğan (2017), ‘’Hukuk ve Siyaset İlişkisi Bağlamında Türk Anayasa Mahkemesi’nin Lâiklik Politikası’’, Anayasa Mahkemesi’nin Kuruluşunun 55. Yılı Anısına 55 Yıl 55 Makale (Ankara: Anayasa Mahkemesi yayını), ss. 1169-1186.
— Mustafa Erdoğan (2006), “Kamu Alanı ve Liberalizm”, Karadağ, A. (ed.), Kamusal Alan ve Türkiye (Ankara: Asil), ss.
— Mustafa Erdoğan (2005), “Ahlâkî Çoğulculuk”, Felsefe Ansiklopedisi, ed. Ahmet Cevizci, Cilt 3 (Ankara: Babil), ss. 696-701.
— Mustafa Erdoğan (2005), “Sivil Toplum: Bir Kavramın Anatomisi”, Bakan, S. & Küçük, A. & Karadağ, A. (eds.), 21. Yüzyılın Eşiğinde Türkiye’de Sivil Hayat (İstanbul: Aktüel), C. 2, ss. 667-689.
— Mustafa Erdoğan (2005), “Türkiye’de Asker ve Siyaset”, Bakan & Küçük & Karadağ, a.g.e., Cilt 2, ss. 739-751.
— Mustafa Erdoğan (1998), “Başkanlık Sistemini Doğru Tartışmak”, Türkiye’de Yönetim Geleneği, ed. D. Dursun & H. Al (İstanbul: İlke Yaynıcılık), ss.
Çeviri Kitaplar
— Norman P. Barry, Modern Siyaset Teorisi (Yusuf Şahin’le birlikte) (Ankara: Liberte, 2004).
— Norman P. Barry, Komünizm Sonrası Dönemde Klasik Liberalizm (Ankara: LDT, 1997).
— Jack Donnelly, Teoride ve Uygulamada Evrensel İnsan Hakları (Levent Korkut’la birlikte) (Ankara:TDV, 1995)
— A. Hayek, Sosyal Adalet Serabı (Ankara: Türkiye İş Bankası, 1995, 2013).
Popüler Kitaplar
— Mustafa Erdoğan (2014), Yeni Eski Türkiye (İstanbul: Ufuk Yayınları).
— Mustafa Erdoğan (2014), İleri Demokrasi (İstanbul: Ka Kitap)
— Mustafa Erdoğan (2012), 28 Şubat Günlüğü: Post-Modern Darbenin Anatomisi (Orion Kitabevi, 2. b.).
— Mustafa Erdoğan (2011), Bizi Kürtler Özgürleştirecek (Ankara. Orion Kitabevi).
— Mustafa Erdoğan (2009), Liberalizm, Demokrasi ve Türkiye Modeli (İstanbul: Plato).
— Mustafa Erdoğan (2003), Dersimiz Özgürlük (İstanbul: Pınar Yayınevi, 2. b.),
— Mustafa Erdoğan (2002), Türkiye Özgürleşebilir Mi? (Ankara: Liberte).
— Mustafa Erdoğan (1999), Rejim Sorunu (Ankara: Vadi Yayınevi)